powierzone w administrację biskupom chełmińskim. Po 1525 roku, w wyniku przejścia na luteranizm biskupów pomezańskich, okolice Nowego Miasta i Łasina zostały całkowicie wcielone do obszaru diecezji chełmińskiej. Pozostałe tereny diecezji pomezańskiej, leżące w granicach Rzeczypospolitej, a należące do województwa malborskiego, zostały oddane w jurysdykcję biskupów chełmińskich, choć zachowały tradycyjną nazwę diecezji pomezańskiej. Zostało to oficjalnie potwierdzone przez kurię rzymską w 1550 i 1601 roku.
W 1505 roku król Aleksander Jagiellończyk proponował wcielenie diecezji do projektowanej archidiecezji warmińskiej. W 1566 roku nastąpiła sekularyzacja Rygi i odtąd biskup chełmiński dobrowolnie brał udział w synodach metropolii gnieźnieńskiej. Odtąd do 1763 roku biskupi chełmińscy używali także tytułu biskupów pomezańskich (podobnie jak warmińscy używali tytułu biskupów sambijskich).mały|Chorągiew biskupa chełmińskiego spod Grunwaldu|lewoOstateczne przyłączenie do Gniezna nastąpiło dopiero w 1821 roku, kiedy papież Pius VII bullą De salute animarum z 16 lipca wytyczył nowe granice diecezji w państwie pruskim. Diecezja chełmińska została wtedy znacznie powiększona o archidiakonat pomorski, Krajnę oraz okolice Górzna i Działdowa.