16 maja 1925 został mianowany ministrem przemysłu i handlu, po dymisji Józefa Kiedronia. Objęcie teki zbiegło się w czasie z wybuchem polsko-niemieckiej wojny celnej. W jej pierwszym okresie Klamer, jako minister odpowiedzialny za sprawy wymiany handlowej, odgrywał jedną z głównych ról, stanowczo sprzeciwiając się niemieckim dążeniom do wykorzystywania spraw gospodarczych do osiągania celów politycznych. Funkcję ministra pełnił do dymisji rządu Grabskiego 13 listopada 1925 r.; do czasu utworzenia gabinetu Aleksandra Skrzyńskiego kierował Ministerstwem Skarbu.
Po odejściu z rządu został prezesem związanego z kapitałem francuskim Towarzystwa Starachowickich Zakładów Górniczych SA. W krótkim czasie, w oparciu o współpracę z Ministerstwem Spraw Wojskowych, doprowadził do znaczącej rozbudowy przedsiębiorstwa. Równocześnie postarał się o przejęcie części udziałów w firmie przez państwowy Bank Gospodarstwa Krajowego, który z czasem uzyskał decydującą rolę w zarządzaniu zakładami. W tym samym czasie Klarner wszedł również do Rady Centralnego Związku Polskiego Przemysłu, Górnictwa, Handlu i Finansów, będąc przez pewien czas członkiem ścisłego prezydium tej najważniejszej w kraju organizacji gospodarczej.