Po rewolucji bolszewickiej, w wyniku której firma Klarnera zanotowała olbrzymie straty, powrócił do kraju, gdzie podjął się odbudowy przedsiębiorstwa, przekierowując jego działania na ziemie polskie.
II Rzeczpospolita Po odzyskaniu niepodległości, w 1919 r. został kierownikiem Sekcji Odbudowy Przemysłu w Ministerstwie Przemysłu i Handlu. Odpowiadał za odbudowę i uruchamianie zakładów przemysłowych. Później podlegały mu w resorcie trzy sekcje, co stawiało go na pozycji równej wiceministrowi. W 1920 r. Klamer objął stanowisko dyrektora Banku Handlowego w Warszawie, które pełnił do końca 1923 r. Na początku 1924 r. przyjął złożoną przez Władysława Grabskiego propozycję objęcia stanowiska wiceministra skarbu w rządzie. Współtworzył program naprawy sytuacji budżetowej kraju, reformy walutowej oraz obok premiera był jednym z głównych twórców Banku Gospodarstwa Krajowego, gdzie w latach 1924-1925 pełnił funkcję zastępcy prezesa rady tego banku. Klarner zaangażował się także wraz z Premierem Grabskim w negocjacje z Konsorcjum Francusko-Polskim Budowy Portu w Gdyni zakończone podpisaniem w lipcu 1924 r. niekorzystnej dla Polski umowy na budowę portu opartą na kredycie.