Do prerogatyw cesarza należało wybranie nowego papieża (nominowany został jako pierwszy niemiecki papież Bruno z Karyntii, który przybrał imię Grzegorz). Podczas postoju w Rawennie zaprezentował się jako władca Italii z imperialnymi pretensjami oraz skrytykował tamtejszych hrabiów i margrabiów. 21 maja 996 roku (w dniu Wniebowstąpienia Pańskiego) Grzegorz V koronował w Rzymie niespełna 16-letniego Ottona III. Po uroczystościach koronacyjnych odbył się synod, któremu przewodniczyli razem cesarz i papież. Wiosną 996 roku cesarz skazał Krescencjusza na wygnanie, jednak na prośbę Grzegorza V ułaskawił go.
W Rzymie Otton III poznał biskupa praskiego Wojciecha z czeskiego rodu Sławnikowców. Władcę zafascynował ascetyczny tryb życia kapłana. Otton III przez całe życie czcił Wojciecha, który podczas wyprawy misyjnej na Prusach poniósł męczeńską śmierć 23 kwietnia 997 roku. Wpływ na Ottona III miał także Gerbert z Aurillac, którego powołał na swój dwór jako nauczyciela i doradcę politycznego. Cesarz poznał Gerberta podczas synodu w Rzymie (jedną ze spraw, o których dyskutowano podczas synodu był niespełniający kryteriów kościelnoprawnych wybór Gerberta na arcybiskupa Reims).