Zainteresowanie wyprawą Ottona wynika głównie z konfliktu pomiędzy czeskimi rodami możnowładczymi – Przemyślidami i Sławnikowicami, których przedstawiciele znajdowali się w czeskich oddziałach. W trakcie wyprawy książę czeski Bolesław nakazał najechać na grody Sławnikowców i zabić wszystkich członków tej rodziny. Na podstawie dokumentu z 6 grudnia 995 roku można przypuszczać, że Otton III miał związek z zajściami w Czechach. Ów dokument zarządza znaczące powiększenie biskupstwa w Miśni. Reorganizacja została przeprowadzona kosztem biskupstwa praskiego i arcybiskupstwa magdeburskiego.

Pierwsza wyprawa do Rzymu W 995 roku Otton III otrzymał prośbę o pomoc od papieża Jana XV, któremu zagrażał prefekt Rzymu Krescencjusz. W marcu 996 roku Otton III wyruszył z Ratyzbony do Italii. Według ówczesnych przekazów miały miejsce rozmaite symboliczne czynności, za pomocą których monarcha manifestował swoją władzę. Na czele orszaku kazał umieścić Świętą Włócznię, dzięki której oddał się pod ochronę relikwii oraz wskazywał wyraźnie na swoje roszczenia do godności cesarskiej (również w tym sensie, że Otton III przy pomocy Włóczni będzie walczyć z poganami). Podczas pobytu w Weronie Otton III został ojcem chrzestnym doży Piotra II Orseolo. W Pawii władca dowiedział się o śmierci wygnanego Jana XV.