W XI–XII wieku duchowni jednak nadal na pierwszym miejscu stawiali perswazję. Biskupi, przed którymi stawiano heretyków, zawsze próbowali nakłonić ich do porzucenia herezji. Na tereny objęte herezją wysyłano ortodoksyjnych kaznodziejów (np. misja Bernarda z Clairvaux w Tuluzie w 1145), organizowano nawet publiczne dysputy z heretykami (np. w 1165 w Lombes) starając się wykazać błędność ich wierzeń.
Wątpliwości budziło natomiast, co należy robić, gdy heretycy, mimo perswazji, nie chcieli się wyrzec swych wierzeń. Wśród duchownych toczyła się dyskusja, czy należy ich wówczas karać, czy też zostawić w spokoju, a jeśli karać, to w jaki sposób.
Bardziej zdecydowane w tej kwestii były władze świeckie, które traktowały herezję jako przejaw buntu wobec istniejącego porządku społecznego, tym bardziej że wiele grup heretyckich potępiało składanie przysiąg, będących fundamentem społeczeństwa feudalnego. W 1022 w Orleanie kilkunastu heretyków spalono na rozkaz króla Francji Roberta II Pobożnego, w 1028 po śledztwie przeprowadzonym w Monteforte przez mediolańskiego arcybiskupa Ariberto świeccy capitanei spalili kilkudziesięciu heretyków, w 1051 cesarz Henryk III Salicki powiesił kilku heretyków w Goslarze, a w 1143 trzech katarów spalono w Bonn. Jeszcze częściej dochodziło do samosądów ze strony tłumów (np.