Kilka tomów z jego spuścizny wydało powołane po jego śmierci towarzystwo jego imienia pod kierownictwem . Większość rękopisów uległa jednak zniszczeniu w czasie II wojny światowej. Jeszcze przed 1926 zaginąć miała w drukarni Uniwersytetu Jagiellońskiego większa część jego przygotowanej do druku krytyki filozofii Kanta, we wrześniu 1939 w zbombardowanej przez Luftwaffe drukarni przy ulicy Miodowej w Warszawie spłonął zbiór jego prac i tłumaczeń, a podczas powstania warszawskiego zaginął z domu jego żony kufer z notatkami i tekstami. W 1958 wydawanie prac Petrażyckiego zainicjował ponownie Tadeusz Kotarbiński.