Muzeum stało się placówką państwową podlegającą Ministerstwu Kultury i Sztuki, a od 1967 r. nadzór nad nim sprawowało Muzeum Narodowe w Krakowie.
W 2004 r. Muzeum nadano imię Ireny i Mieczysława Mazarakich. 1 stycznia 2007 roku Muzeum zostało podzielone na dwie odrębne jednostki – Muzeum w Chrzanowie im. Ireny i Mieczysława Mazarakich, Muzeum Nadwiślański Park Etnograficzny i Zamek Lipowiecc.
Budynek Główny Zabytkowy XVI-wiecznym lamus dworski z czasów rodu Ligęzów jest główną siedzibą Muzeum. W XVIII wieku Ossolińscy przebudowali budynek umieszczając w nim oficynę dworską. W XIX wieku zamieszkali w nim Loewenfeldowie, ostatni właściciele dóbr chrzanowskich. Budynek został zaadaptowany na cele muzealne w latach 60. XX wieku. W 1969 r. wojewódzki konserwator zabytków wpisał budynek Muzeum do rejestru zabytków.
Główna siedziba Muzeum w Chrzanowie to wyjątkowy zabytek z końca XVIII wieku, stanowiący ważny element dziedzictwa historycznego regionu i ostatni obiekt z zespołu dworskiego w Chrzanowie.