19 lutego 2019 roku rząd Mateusza Morawieckiego przyjął uchwałę zmieniającą uchwałę w sprawie ustanowienia Krajowego Programu Kolejowego do 2023 roku, która przewidywała m.in. dokapitalizowanie spółki PKP PLK kwotą w wysokości 1,8 mld zł i wykup akcji przez Skarb Państwa od PKP SA. 17 sierpnia 2022 roku w siedzibie PKP SA podpisano umowę o utworzeniu holdingu Grupy PKP, w skład której nie wejdzie spółka PKP Polskie Linie Kolejowe SA. 8 sierpnia 2022 spółka złożyła wniosek do Urzędu Ochrony Konkurencji i Konsumenta (UOKIK) o zgodę na przejęcie spółki PKP Telkol Sp. z o.o. od PKP SA poprzez objęcie wszystkich udziałów w kapitale zakładowym. 16 stycznia 2026 roku PKP Cargo i PKP PLK podpisały ostateczną umowę nabycia 100% udziałów w spółce Cargotor sp. z o.o. przez spółkę PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. od spółki PKP Cargo S.A.. Tym samym spółka PKP PLK przejęła Cargotor od spółki PKP Cargo.
Działalność Głównym źródłem dochodów spółki są opłaty za dostęp do infrastruktury, pobierane od przewoźników według cennika zatwierdzanego przez Urząd Transportu Kolejowego.