PKP Polskie Linie Kolejowe przeszkoliły w 2014 roku 15 tysięcy dyżurnych ruchu oraz nastawniczych, a na stanowiskach związanych z bezpieczeństwem zatrudniono w PLK 1000 nowych osób. Jesienią 2015 r. uruchomiony został symulator do szkoleń dyżurnych i nastawniczych. PLK zapewnia też profesjonalne wsparcie psychologiczne pracownikom, którzy uczestniczyli bądź usuwali skutki zdarzeń. Według informacji „Dziennika Gazeta Prawna” w lipcu 2010 roku rząd Donalda Tuska podjął decyzję o wykupieniu akcji PKP PLK przez Skarb Państwa od spółki PKP SA.
Spółka radykalnie, o ponad połowę, zmniejszyła liczbę miejsc, w których stosowana jest jazda na sygnał zastępczy. Na koniec 2013 na sieci PLK występowało około 80 takich lokalizacji. Na koniec 2014 takich miejsc było 48.
W latach 2007–2015 spółka wyremontowała 7860 km torów, 2300 mostów i wiaduktów oraz 750 peronów. W latach 2001–2019 sieć kolejowa zarządzana przez PKP PLK uległa skróceniu o 12,5% (z 21 173 do 18 513 km).
11 kwietnia 2018 spółka ogłosiła kupno będącego w stanie upadłości Przedsiębiorstwa Napraw Infrastruktury.