Działalność eksploatacyjną wykonują jednostki terenowe, czyli zakłady linii kolejowych, których zadaniami są prowadzenie ruchu kolejowego oraz nadzór nad utrzymaniem w stałej sprawności linii kolejowych.
PKP Polskie Linie Kolejowe są członkiem wielu organizacji krajowych i międzynarodowych, m.in. Związku Pracodawców Kolejowych, Stowarzyszenia Europejskich Zarządców Infrastruktury Kolejowej oraz stowarzyszenia RailNetEurope.
Stawki dostępu do torów PKP Polskie Linie Kolejowe mają monopol na zarządzanie głównymi liniami w Polsce (brak konkurencji prywatnej), a tym samym ustalają stawki dla praktycznie całego transportu kolejowego w kraju zgodnie z Ustawą o transporcie kolejowym z dnia 28 marca 2003 r.. W 2013 r. Europejski Trybunał Sprawiedliwości uznał, że stosowany przez PKP Polskie Linie Kolejowe sposób nie jest ustalony w oparciu o koszty, które wynikają bezpośrednio z udostępnienia infrastruktury, a kalkulacja opłat uwzględnia koszty, które nie mogą być uznane za bezpośrednio ponoszone jako rezultat wykonywania przewozów pociągami. W rezultacie powyższego na kolejne 4 lata zapowiedziano nowe stawki, zmniejszone o ok. 20 proc.