W styczniu 1889 los zetknął Ignacego Daszyńskiego z Ludwikiem Kulczyckim, któremu pomógł w przemycie socjalistycznej „bibuły” do Królestwa Polskiego.

Wkrótce trudna sytuacja materialna uniemożliwiła Daszyńskiemu kontynuowanie studiów. Opuścił Kraków, przeniósł się na teren Królestwa Polskiego. Zmuszony był ponownie zostać prywatnym nauczycielem. Pod fałszywym nazwiskiem zatrudnił się jako guwerner u rodziny Gniazdowskich w Czarnostowie niedaleko Łomży. Pobyt ten nie trwał jednak długo. W nocy z 2 na 3 maja 1889 Ignacy Daszyński został aresztowany przez carską policję. Stało się tak przez pomyłkę – żandarmi sądzili, iż ujęli Feliksa Daszyńskiego, zaangażowanego w ruch socjalistyczny za granicą (brał on udział m.in. w kongresie paryskim II Międzynarodówki w 1889). Przez pół roku był więziony w areszcie w Pułtusku, ale ostatecznie zwolniono go i deportowano do Galicji. Po powrocie do Krakowa znów trafił na ławę oskarżonych, jednak został uniewinniony z powodu przedawnienia zarzutów o prowadzenie nielegalnej działalności politycznej. Został osadzony w krakowskim więzieniu św. Michała. Następnie przez krótki czas kontynuował studia na UJ, jednak udział w demonstracji oraz zniszczenie popiersia rektora Edwarda Sas Korczyńskiego zakończył jego edukację w Polsce. Planował wyemigrować do Argentyny.