Lęgi Dla kowalików bahamskich jest niewiele danych na temat lęgów. Jedno gniazdo znaleziono w kwietniu, młodociane osobniki widywano w styczniu, lutym, maju i czerwcu. Trzy znane gniazda kowalików bahamskich znajdowały się dziuplach w konarach drzew, na wysokości ponad 10 m nad ziemią.
Prawdopodobnie znaczna część informacji o lęgach kowalików malutkich dotyczy także kowalików bahamskich. Dalszy opis dotyczy kowalików malutkich. Zazwyczaj ptaki te wyprowadzają jeden lęg. Wykuwają dziuplę w martwym drewnie, co zajmuje im 1–6 tygodni; preferują sosny, jednak mogą założyć gniazdo i w słupie. Rzadko korzystają ze starych dziupli dzięciołów. Przygotowaniem dziupli zajmuje się samiec, przed wybraniem najlepszego miejsca może zaczynać kilka razy. Na budulec gniazda składają się skrzydełka nasion sosen, kawałki kory, źdźbła traw i włókna roślinne. Wyściełane jest bawełną, pierzem, wełną i skrzydełkami nasion. Zniesienie liczy zazwyczaj od 4 do 6 jaj (ogółem od 3 do 7, bardzo rzadko do 9). Skorupka jest biała lub kremowa, bardzo intensywnie nakrapiana czerwonobrązowymi plamami. Średnie wymiary: 15,3 na 12,1 mm. Inkubacja trwa blisko 14 dni. Samica zajmuje się młodymi w gnieździe, jednak pokarm dostarczany jest przez obydwa ptaki z pary. Po 18–19 dniach życia młode stają się w pełni opierzone.