Już przed ślubem Marie odkryła, że Alfvén zdradzał ją z wieloma kobietami. Chciała małżeństwa dla dobra Margity. W 1928 Alfvén zażądał rozwodu. Po licznych sporach sądowych para rozwiodła się w 1936. Dom Alfvéngaard, główny punkt sporu, został przepisany Margicie. Marie przeprowadziła się do Sztokholmu, gdzie do śmierci żyła samotnie.
Twórczość Obrazy i szkice W latach małżeństwa z Krøyerem Marie mało malowała, postrzegała się jako mniej utalentowana. Czuła frustrację, że nie mogła w pełni poświęcić się malarstwu z powodu małżeństwa i macierzyństwa.
Przetrwało niewiele dzieł Marie. Większość to małe płótna. Według Lisy Svanholm to dowód, że Marie nie wierzyła w swój talent. Na szczególną uwagę zasługuje jej impresjonistyczny Autoportret (1889) z ponurym obrazem samej siebie, podkreślonym przez grube machnięcia pędzlem i cień opadający na większą część twarzy. Jej ostatni znany obraz to impresja, przedstawia rynek we francuskim miasteczku (1898).