Drugie małżeństwo W 1902 podczas wizyty w Taorminie, gdzie przebywała z córką, Marie poznała Hugo Alfvéna, który lat był pod wrażeniem jej piękna uchwyconego na obrazach męża. Zaprosiła do siebie przyjaciółkę, piosenkarkę Annę Norrie, oraz goszczonego przez nią w Berlinie Alfvéna. Relacja Marie z o 5 lat młodszym mężczyzną rozwijała się tak szybko, że od razu po powrocie z Włoch Marie udała się do Paryża i zażądała rozwodu. Krøyer odmówił, wierząc, że to przelotne zauroczenie, i nakazał żonie wrócić do Skagen. Marie spotykała się z Alfvénem w Skagen, Kopenhadze lub w Szwecji. Gdy zaszła z Alfvénem w ciążę, Krøyer zgodził się na rozwód. Zachował opiekę nad Vibeke. mały|Marie Krøyer, Autoportret, 1889 mały|Marie Krøyer, Wnętrze z szyjącą kobietą, data nieznana Druga córka Marie, Margita, urodziła się w Kopenhadze w 1905. Po 2 latach Marie wyjechała do Alfvéna do Szwecji. Krøyer, którego zdrowie pogorszyło się od czasu rozwodu, zmarł w Skagen w listopadzie 1907. Marie pojawiła się na pogrzebie.
Na początku Alfvén nie był pewien co do ślubu z Marie, obawiają się, że wpłynie to na jego karierę jako chórmistrz. Ślub odbył się 30 stycznia 1912 w Uppsali. Para przeprowadziła się do nowego domu (Alfvéngaard) w Tällberg.