Od 1894 wypożyczyli domek w Skagens Vesterby, a w 1895 przeprowadzili się do własnego domu w Byfogedskoven. mały|lewo|252x252px|P.S. Krøyer, Letni wieczór w Skagen, 1892 mały|315x315px|Marie i Peter Krøyer i ich pies w Skagen, 1892 mały|Marie Krøyer z córką Margitą w Alfvengaarden, 1912 Małżeństwo z Krøyerem wpłynęło na spadek ambicji Marie do pracy jako malarka. Tylko jedną jej pracę z pewnością można uznać za wykonaną w Skagen. Marie skupiła się na wykończeniu domku wakacyjnego, projektując meble. Tak samo robiła zimą w domu w Kopenhadze. Na podstawie jej korespondencji można dostrzec, że miała problemy z pewnością siebie i zdrowiem. Po narodzinach córki Vibeke w 1895 Marie cierpiała na depresję poporodową. Znajomi opisali ją jako wycofaną, często narzekającą na bóle głowy i odpoczywającą w łóżku.
Kiedy Vibeke była dzieckiem, stan zdrowia ojca zaczął się pogarszać z powodu choroby psychicznej. W 1900 został przyjęty do szpitala psychiatrycznego w Middelfart na pierwszy z wielu długich pobytów. Marie spędzała z mężem coraz mniej czasu. Po tym, jak zachorował, Marie zrezygnowała z prób malarskich.