Po zakończeniu I wojny zachorował na depresję.
Po I wojnie światowej thumb|Reaktor Habera i Boscha z 1921 roku (BASF) przed Karlsruher Institut für Technologie W roku 1918 Haber został laureatem Nagrody Nobla w dziedzinie chemii za opracowanie metody syntezy amoniaku. W tym czasie działał w odbudowie niemieckiego przemysłu wojennego. Kontynuował prace w tajnej fabryce w pobliżu Wittenbergi. Stanął na czele Deutsche Gesellschaft für Schädlingsbekämpfung – Niemieckiego Towarzystwa do Walki ze Szkodnikami. Szukał środków, którymi łatwo byłoby zabijać pchły, wszy i pluskwy, lęgnące się w magazynach czy ładowniach statków oceanicznych. To właśnie wtedy, w latach 20. XX wieku, jego współpracownicy pod jego nadzorem opracowali technologię produkcji cyklonu B, który chociaż początkowo był przewidziany jako środek do dezynfekcji i dezynsekcji, został później zastosowany przez Niemców w komorach gazowych podczas II wojny światowej. Granulki cyklonu zawierały toksyczny cyjanowodór, który uwalniał się stopniowo, skutecznie niszcząc szkodniki. Cyklon B osiągnął sukces, a jego produkcja wynosiła setki ton. Haber pomagał też produkować iperyt Hiszpanii, która używała go w walce z powstańcami w Maroku.