Traktował swoją pracę jako patriotyczny obowiązek. Mówił, że nauka w czasie pokoju należy do całego świata, a w czasie wojny musi służyć państwu. Mówił swoim współpracownikom, że jeśli uda się szybko pokonać wrogów Niemiec, konflikt pochłonie mniej ofiar (Francuzi w tym czasie też pracowali nad rozwojem broni chemicznych). Podczas I wojny światowej był jednym z głównych organizatorów produkcji i zastosowania gazów bojowych przez armię niemiecką, m.in. pod Langemark i Ypres (II bitwa pod Ypres) i pod Bolimowem. Pod Ypres Haber osobiście nadzorował atak chemiczny. Notował spostrzeżenia objawów u konających żołnierzy. Generalicja niemiecka nie wykorzystała potencjału broni chemicznej, a naukowcy z Paryża i Londynu szybko rozszyfrowali skład chemiczny toksycznych substancji niemieckich. Zaangażowanie Habera w produkcję gazów bojowych doprowadziło do samobójstwa jego żonę Clarę Haber, która nie mogła znieść obciążenia psychicznego, związanego z przyczynianiem się jej męża do śmierci żołnierzy (zastrzeliła się z pistoletu służbowego Habera). Nazajutrz po pogrzebie żony Haber wyruszył na front wschodni ponownie testować gazy bojowe.
W 1917 roku ożenił się z Charlotte Nathan, z którą miał dwójkę dzieci.