Jednocześnie próbował metodami elektrochemicznymi uzyskać złoto rozpuszczone w wodzie morskiej, by Niemcy mogły spłacić gigantyczne kontrybucje. Próby z uzyskaniem złota nie zakończyły się powodzeniem, miały jednak duże znaczenie naukowe (według wyliczeń badaczy zespołu Habera z 1923 r. w jednej tonie morskiej wody znajdowało się średnio 0,008 mg złota, co czyni wydobycie złota tą drogą nieopłacalnym).
Po dojściu Hitlera do władzy w 1933 roku, w ramach czystek antyżydowskich Haber zmuszony został do zwolnienia swoich współpracowników pochodzenia żydowskiego, po czym sam złożył rezygnację. Wyjechał do Wielkiej Brytanii, gdzie dostał ofertę pracy na University of Cambridge. Po dwóch miesiącach opuścił Anglię ze względu na stan zdrowia i wyruszył w podróż w kierunku południowym, w poszukiwaniu cieplejszego klimatu. Miał ofertę Chaima Weizmana (późniejszego pierwszego prezydenta Izraela) otrzymania posady w tworzonym właśnie Instytucie Badawczym Daniela Sieffa w Rehovot (dziś w Izraelu), lecz stan zdrowia nie pozwolił mu na tak daleką podróż. 29 stycznia 1934 zmarł w Bazylei w Szwajcarii.
Albert Einstein napisał o nim: „Była to tragedia niemieckiego Żyda, tragedia wzgardzonej miłości”.