Il Magdeburg Challenger 1999 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 1999. Il torneo si è giocato a Magdeburgo in Germania dal 1 al 7 marzo 1999 su campi in sintetico indoor.
Vincitori Singolare
Markus Hantschk ha battuto in finale Axel Pretzsch con il punteggio di 3–6, 7–6, 6–4
Doppio
Michael Hill / Andrew Painter hanno battuto in finale Jan-Ralph Brandt / Dirk Dier con il punteggio di 7–6, 6–7, 7–6
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