Gli All Japan Indoor Tennis Championships 1999, noti come Shimadzu All Japan Indoor Tennis Championships per motivi di sponsorizzazione, sono stati un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito delle ATP Challenger Series 1999. Il torneo si è giocato a Kyoto in Giappone dall'8 al 14 marzo 1999 su campi in cemento indoor.
Vincitori Singolare
Julian Knowle ha battuto in finale Gouichi Motomura con il punteggio di 6–1, 6–2
Doppio
Julian Knowle / Lorenzo Manta hanno battuto in finale Giorgio Galimberti / Hyung-Taik Lee con il punteggio di 6–1, 6–7, 6–2
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