Stagione Franco Sensi, azionista di maggioranza fin dal 22 gennaio 1999, medita l'abbandono ma in seguito decide di continuare la gestione, acquisisce dal tribunale di Foggia il restante 33% delle azioni e incarica con grande ritardo il diggì Mauro Meluso di programmare la riscossa del Foggia. Per la stagione a cavallo del secolo 1999-2000 in panchina viene chiamato il toscano Piero Braglia, si cerca di allestire una squadra in linea con le ambizioni per la nuova ostica categoria. I rapporti con il sindaco Paolo Agostinacchio si deteriorano e a settembre il primo cittadino rassegna polemiche dimissioni: a fine ottobre sarà l'avvocato Antonio Nazzaro a succedergli nella carica di presidente. In mezzo c'è sempre il Foggia, staccato dal Messina per la leadership del girone, vinto dai giallorossi con 70 punti. I satanelli chiudono il torneo in quarta posizione con 56 punti. Nei Play-off in semifinale il Foggia incrocia l'Acireale, i siciliani fanno fruttare al meglio il terzo posto, essendo entrambe le gare finite (2-0) per le squadre di casa, eliminando i rossoneri e qualificandosi per la finale, che poi perde con l'Aquila. Il Foggia affidato a Piero Braglia ha disputato un ottimo girone di andata chiuso in seconda posizione con 34 punti, poi nel girone di ritorno ha subito un calo vistoso, con 22 punti di bottino, comunque sufficienti per tentare il ritorno in C1, ma nel momento decisivo non riesce a superare l'Ostacolo Acireale. Nella Coppa Italia di Serie C i satanelli disputano il girone N di qualificazione, che ha promosso il Lanciano.
Rosa
Risultati Campionato
Girone di andata
Girone di ritorno
Coppa Italia di Serie C
Girone N
Note