Biografia Nato nella Palestina britannica, quando ancora lo Stato d'Israele non era stato fondato, crebbe e studiò a Gerusalemme, dove si laureò nel 1963 in Filosofia, e poi in Economia nel 1965. Egli ottenne una terza laurea nel 1970 dall'Università Ebraica di Gerusalemme, dalla quale uscì con il massimo dei voti; il noto filosofo Yehoshua Bar-Hillel, suo professore, lo aiutò nella stesura della tesi, riguardo allo Stato cognitivo della metafisica. Appena laureatosi, divenne professore presso la sua stessa università, che lasciò solo nel 2006 per il più celebre Institute for Advanced Study. Ha tenuto conferenze anche ad Oxford e ad Harvard. Ha scritto alcuni articoli per la rivista culturale-letteraria newyorkese The New York Review of Books.
Di idee progressiste, Margalit è tra i fondatori del movimento pacifista israeliano Peace Now. Studioso di grande fama, ha collaborato con diversi colleghi, tra i quali si ricordano Ian Buruma e Moshe Halbertal. I suoi studi sono stati premiati dal nel 2007.
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