Druga liga Republike Srpske u nogometu 1999./00. bilo je peto izdanje Druge lige Republike Srpske u organizaciji Nogometnog saveza Republike Srpske. U sezoni 1999./00. natjecalo se ukupno 44 kluba, tj. 16 klubova u skupini Zapad, 16 u skupini Centar i 12 u skupini Jug.
U sljedećoj sezoni broj skupina smanjen je s tri na dvije (Zapad i Istok).
Grupa Zapad Ljestvica mj. klub ut. pob. ner. por. gol+ gol- gr bod1. Lijevče N. Topola 3023349421+73722. Omladinac Brestovčina 3019568038+42623. Omladinac Banja Luka 3019387126+45604. Sloga G. Podgradci 3017767936+43585. Krila Krajine 3016866025+35566. Gomjenica Prijedor 3016776346+17557. Mineral Banja Vrućica 3016595542+1353 8. Naprijed Banja Luka 3016596025+35539. Teslić 30137105847+114610. Borac B. Dubica 30144124838+104611. Mladost Kotor Varoš 30114155455–13712. Jedinstvo Žeravica 30104163261–293413. Stevan Dukić Rogolji 3062223797–602014. Potkozarje Bjelajci 3061232468–441915. Čelinac 94 3042243082–521416. Laktaši 30012910151–1411 Izvori:RSSSF
Plasman u Prvu ligu RS Sljedeće sezone u Područnoj ligi RS
Grupa Centar Ljestvica mj. klub ut. pob. ner. por. gol+ gol- gr bod1. Polet B. Brod 30211811135+76642. Mladost V. Obarska 2915776426+38523. Trebava Osječani 30164104839+9524. Ozren Petrovo 30171125054–4525. Rudar Stanari 30155105540+15506. Crvena zvijezda Obudovac 30162124645+1507. Željezničar Doboj 30154118449+35498. Proleter Dvorovi 30161136540+25499. Ledinci PDS Bijeljina 30152138052+284710. Bratstvo Bratunac 30152136432+324711. Napredak Donji Šepak 30135125646+104412. Budućnost G. Slatina 29134124471–274313. Podrinje Janja 30126125244+84214. Sloga Bijeljina 30107133655–193715. Hajduk Kožuhe 30132618130–112616. Posavina Miloševac 30122733131–985 Izvori:
Plasman u Prvu ligu RS Sljedeće sezone u Područnoj ligi RS
Grupa Jug Ljestvica mj. klub ut. pob. ner. por. gol+ gol- gr bod1. Slavija I. Sarajevo 211920736+67592. Sutjeska Srbinje 2014245411+43443. Hercegovac Bileća 2012624217+25424. Drina Višegrad 2112273019+11385. Romanija Pale 219484035+5316. Stakorina Čajniče 218672434–1030 7. Mladost Rogatica 217952835–7308. Alat Trebinje 2171134363–20229. Željeznica Trnovo 2155112850–222010. Velež Nevesinje 2134141742–251311. Rudo 2134142167–461312. Han Pijesak <small> odustao Izvori:
Plasman u Prvu ligu RS Sljedeće sezone u Područnoj ligi RS
Vanjske poveznice RSSSF, Bosnia-Hercegovina 1999/00
Izvori
1999./00 RS 2