Aquesta classificació dels dípters està basada en el treball de Pape et al. 2011,Pape, T., Blagoderov, V., & Mostovski, M. B. (2011). Order Diptera Linnaeus, 1758. Animal biodiversity: An outline of higher-level classification and survey of taxonomic richness. Zootaxa, 3148(237), 222-229. el més recent sobre la taxonomia d'aquests insectes. És la mateixa ordenació usada a Systema Dipterorum. Està lluny de ser una classificació definitiva, car hi ha diversos grups parafilètics o polifilètics que estan essent revisats en l'actualitat, però és una eina valuosa per tenir un esquema coherent sobre aquest grup tan ampli i divers. El nombre d'espècies actual de dípters és de 159.294 espècies, i 3.817 espècies fòssils.
Classificació ORDRE DIPTERA Linnaeus, 1758
SUBORDRE NEMATOCERA Dumeril, 1805 (parafilètic) Incertae sedis Família †Asiochaoboridae Hong & Wang, 1990 (4 gèneres, 4 espècies) Família †Eopolyneuridae Rohdendorf, 1962 (2 gèneres, 2 espècies) Família †Hyperpolyneuridae Rohdendorf, 1962 (1 gènere, 1 espècies) Família †Luanpingitidae Zhang, 1986 (1 gènere, 1 espècies) Família †Palaeophoridae Rohdendorf, 1951 (1 gènere, 1 espècies) Família †Serendipidae Evenhuis, 1994 (2 gèneres, 3 espècies) Família †Tethepomyiidae Grimaldi & Arillo, 2009 (1 gènere, 1 espècies) Infraordre Deuterophlebiomorpha Rohendorf, 1961 Família Deuterophlebiidae Edwards, 1922 (1 gènere, 14 espècies) Infraordre Nymphomyiomorpha Rohdendorf, 1964 Família Nymphomyiidae Tokunaga, 1932 (1 gènere, 8 espècies) Infraordre Tipulomorpha Rohdendorf, 1961 Família †Vladipteridae Shcherbakov, 1995 (4 gèneres, 5 espècies) Família Trichoceridae Róndani, 1841 (15 gèneres, 183 espècies) Família Pediciidae Osten Sacken, 1859 (12 gèneres, 496 espècies) Família Limoniidae Róndani, 1856 (188 gèneres, 10,777 espècies) (parafilètic) Família Cylindrotomidae Schiner, 1863 (9 gèneres, 82 espècies) Família Tipulidae Latreille, 1802 (39 gèneres, 4,415 espècies) Infraordre [no anomenat] Família †Tillyardipteridae Lukashevich & Shcherbakov, 1999 (2 gèneres, 2 espècies) Infraordre Ptychopteromorpha Wood & Borkent, 1986 Família †Hennigmatidae Shcherbakov, 1995 (3 gèneres, 4 espècies) Família †Nadipteridae Lukashevich, 1995 (1 gènere, 3 espècies) Família Ptychopteridae Osten Sacken, 1862 (27 gèneres, 156 espècies) Infraordre Psychodomorpha Hennig, 1968 Família †Ansorgiidae Krzemiñski & Lukashevich, 1993 (1 gènere, 1 espècies) Família Blephariceridae Loew, 1861 (39 gèneres, 331 espècies) Família †Grauvogeliidae Krzemiñski, 1999 (2 gèneres, 2 espècies) Família Psychodidae Newman, 1834 (144 gèneres, 3,026 espècies) Família Tanyderidae Osten Sacken, 1880 (12 gèneres, 55 espècies) Infraordre Culicomorpha Hennig, 1948 Família †Protendipedidae Rohdendorf, 1951 (2 gèneres, 3 espècies) Família Dixidae Schiner, 1868 (9 gèneres, 197 espècies) Família Corethrellidae Edwards, 1932 (1 gèneres, 111 espècies) Família Chaoboridae Newman, 1834 (33 gèneres, 89 espècies) Família Culicidae Meigen, 1818 (46 gèneres, 3,725 espècies) Família Thaumaleidae Bezzi, 1913 (10 gèneres, 183 espècies) Família Simuliidae Newman, 1834 (35 gèneres, 2,121 espècies) Família Ceratopogonidae Newman, 1834 (130 gèneres, 5,902 espècies) Família Chironomidae Newman, 1834 (541 gèneres, 7,290 espècies) Clade NEODIPTERA Michelsen, 1994 Infraordre Perissommatomorpha Rohdendorf, 1977 Família †Boholdoyidae Kovalev, 1985 (2 gèneres, 3 espècies) Família Perissommatidae Colless, 1962 (5 gèneres, 9 espècies) Infraordre Bibionomorpha Hennig, 1954 Família †Siberhyphidae Kovalev, 1985 (1 gènere, 1 espècies) Família †Tanyderophrynidae Rohdendorf, 1962 (1 gènere, 1 espècies) Família †Tipulodictyidae Rohdendorf, 1962 (1 gènere, 1 espècies) Família †Tipulopleciidae Rohdendorf, 1962 (1 gènere, 1 espècies) Família †Antefungivoridae Rohdendorf, 1938 (9 gèneres, 44 espècies) Família †Archizelmiridae Rohdendorf, 1962 (4 gèneres, 5 espècies) Família †Crosaphididae Kovalev, 1983 (1 gènere, 2 espècies) Família †Elliidae Krzeminska, Blagoderov & Krezmiñski, 1993 (2 gèneres, 4 espècies) Família †Eoditomyiidae Ansorge, 1996 (1 gènere, 1 espècies) Família †Heterorhyphidae Ansorge & Krzemiñski, 1995 (1 gènere, 1 espècies) Família †Mesosciophilidae Rohdendorf, 1946 (8 gèneres, 14 espècies) Família †Paraxymyiidae Rohdendorf, 1946 (7 gèneres, 12 espècies) Família †Pleciofungivoridae Rohdendorf, 1946 (17 gèneres, 63 espècies) Família †Procramptonomyiidae Kovalev, 1983 (4 gèneres, 7 espècies) Família †Protopleciidae Rohdendorf, 1946 (9 gèneres, 21 espècies) Família †Protorhyphidae Handlirsch, 1906 (7 gèneres, 19 espècies) Família †Protoscatopsidae Rohdendorf, 1946 (2 gèneres, 2 espècies) Família Anisopodidae Knab, 1912 (24 gèneres, 196 espècies) Família Canthyloscelididae Enderlein, 1912 (5 gèneres, 17 espècies) Família Scatopsidae Newman, 1834 (34 gèneres, 407 espècies) Família Valeseguyidae Amorim & Grimaldi, 2006 (3 gèneres, 3 espècies) Família Axymyiidae Shannon, 1921 (6 gèneres, 8 espècies) Família Hesperinidae Schiner, 1864 (2 gèneres, 10 espècies) Família Bibionidae Fleming, 1821 (12 gèneres, 1,102 espècies) Família Pachyneuridae Schiner, 1864 (7 gèneres, 8 espècies) Família Ditomyiidae Keilin, 1919 (8 gèneres, 98 espècies) Família Diadocidiidae Winnertz, 1863 (4 gèneres, 39 espècies) Família Mycetophilidae Newman, 1834 (233 gèneres, 4,525 espècies) Família Bolitophilidae Winnertz, 1863 (2 gèneres, 61 espècies) Família Keroplatidae Róndani, 1856 (90 gèneres, 993 espècies) Família Lygistorrhinidae Edwards, 1925 (15 gèneres, 44 espècies) Família Rangomaramidae Jaschhof & Didham, 2002 (13 gèneres, 32 espècies) Família Sciaridae Billberg, 1820 (92 gèneres, 2,455 espècies) Família Cecidomyiidae Newman, 1835 (761 gèneres, 6,296 espècies)
SUBORDRE BRACHYCERA Macquart, 1834 Clade ORTHORRHAPHA Brauer, 1863 (podria ser parafilètic) Incertae sedis Família †Eomyiidae Rohdendorf, 1962 (1 gènere, 1 espècies) Família Nemestrinidae Griffith & Pidgeon, 1832 (26 gèneres, 300 espècies) Família †Prosechamyiidae Blagoderov & Grimaldi, 2007 (1 gènere, 2 espècies) Família †Rhagionemestriidae Ussatchov, 1968 (2 gèneres, 3 espècies) Superfamília [no anomenada] Família Acroceridae Leach, 1815 (55 gèneres, 400 espècies) Família Hilarimorphidae Williston, 1896 (2 gèneres, 36 espècies) Superfamília [no anomenada] Família Vermileonidae Williston, 1886 (12 gèneres, 61 espècies) Superfamília Asiloidea Latreille, 1802 Família Bombyliidae Latreille, 1802 (275 gèneres, 5,382 espècies) Família Asilidae Latreille, 1802 (555 gèneres, 7,531 espècies) Família †Cratomyiidae Mazzarolo & Amorim, 2000 (2 gèneres, 2 espècies) Família †Protapioceridae Ren, 1998 (1 gènere, 3 espècies) Família Mydidae Latreille, 1809 (66 gèneres, 498 espècies) Família Apioceridae Bigot, 1857 (1 gèneres, 143 espècies) Família Evocoidae Yeates, Irwin & Wiegmann 2006 (1 gènere, 1 espècies) Família Apsilocephalidae Nagatomi, Saigusa, Nagatomi & Lyneborg, 1991 (4 gèneres, 7 espècies) Família Scenopinidae Burmeister, 1835 (25 gèneres, 420 espècies) Família †Protomphralidae Rohdendorf, 1957 (2 gèneres, 2 espècies) Família Therevidae Newman, 1834 (128 gèneres, 1,143 espècies) Superfamília Rhagionoidea Latreille, 1802 Família Austroleptidae Nagatomi, 1982 (1 gènere, 8 espècies) Família Bolbomyiidae Stuckenberg, 2001 (1 gènere, 4 espècies) Família †Palaeostratiomyiidae Rohdendorf, 1938 (1 gènere, 1 espècies) Família Rhagionidae Latreille, 1892 (47 gèneres, 756 espècies) Família †Rhagionempididae Rohdendorf, 1951 (5 gèneres, 5 espècies) Família †Eostratiomyiidae Rohdendorf, 1951 (1 gènere, 1 espècies) Superfamília Stratiomyoidea Latreille, 1802 Família Panthophthalmidae Bigot, 1886 (2 gèneres, 20 espècies) Família Stratiomyidae Latreille, 1802 (385 gèneres, 2,690 espècies) Família Xylomyidae Verrall, 1901 (4 gèneres, 138 espècies) Família †Zhangsolvidae Nagatomi & Yang, 1998 (1 gènere, 1 espècies) Superfamília Tabanoidea Latreille, 1802 Família Athericidae Nowicki, 1873 (12 gèneres, 133 espècies) Família Oreoleptidae Zloty, Sinclair & Pritchard, 2005 (1 gènere, 1 espècies) Família Pelecorhynchidae Enderlein, 1922 (2 gèneres, 49 espècies) Família Tabanidae Latreille, 1802 (156 gèneres, 4,434 espècies) Família †Uranorhagionidae Zhang, Yang & Ren, 2010 (2 gèneres, 5 espècies) Superfamília Xylophagoidea Fallén, 1810 Família †Archisargidae Rohdendorf, 1951 (6 gèneres, 17 espècies) Família †Eremochaetidae Ussatchov, 1968 (9 gèneres, 16 espècies) Família †Kovalevisargidae Mostovski, 1997 (2 gèneres, 2 espècies) Família †Protobrachyceridae Rohdendorf, 1964 (1 gènere, 3 espècies) Família Xylophagidae Fallén, 1810 (15 gèneres, 145 espècies) Clade EREMONEURA Lameere, 1906 Incertae sedis Família †Chimeromyiidae Grimaldi, Cumming & Arillo, 2009 (2 gèneres, 8 espècies) Superfamília Empidoidea Latreille, 1804 Família Atelestidae Hennig, 1970 (11 gèneres, 22 espècies) Família Brachystomatidae Melander, 1908 (20 gèneres, 153 espècies) Família Dolichopodidae Latreille, 1809 (268 gèneres, 7,358 espècies) Família Empididae Latreille, 1804 (104 gèneres, 3,142 espècies) Família Homalocnemiidae Collin, 1928 (1 gènere, 7 espècies) Família Hybotidae Macquart, 1823 (75 gèneres, 2,005 espècies) Família “Iteaphila-group” (2 gèneres, 27 espècies) Família Oreogetonidae Chvála, 1976 (1 gènere, 36 espècies) Superfamília Apystomyioidea Nagatomi & Liu, 1994 Família Apystomyiidae Nagatomi & Liu, 1994 (1 gènere, 1 espècies) Clade CYCLORRHAPHA Brauer, 1863 Infraordre ASCHIZA Becher, 1882 (parafilètic) Superfamília Phoroidea Curtis, 1833 Família Lonchopteridae Macquart, 1823 (6 gèneres, 65 espècies) Família Opetiidae Róndani, 1856 (5 gèneres, 10 espècies) Família Platypezidae Latreille, 1829 (29 gèneres, 277 espècies) Família Ironomyiidae McAlpine & Martin, 1966 (5 gèneres, 17 espècies) Família Phoridae Curtis, 1833 (302 gèneres, 4,202 espècies) Superfamília Syrphoidea Latreille, 1802 Família Pipunculidae Walker, 1834 (22 gèneres, 1,428 espècies) Família Syrphidae Latreille, 1802 (209 gèneres, 6,107 espècies) Infraordre SCHIZOPHORA Becher, 1882 Clade Archischiza Enderlein, 1936 Family Conopidae Latreille, 1802 (52 gèneres, 831 espècies) Clade Muscaria Enderlein, 1936 Parvorder ACALYPTRATAE Macquart, 1835 (parafilètic) Superfamília Carnoidea Newman, 1834 (pot ser parafilètic) Família Australimyzidae Griffiths, 1972 (1 gènere, 9 espècies) Família Canacidae Jones, 1906 (28 gèneres, 323 espècies) Família Carnidae Newman, 1834 (6 gèneres, 92 espècies) Família Chloropidae Róndani, 1856 (194 gèneres, 2,885 espècies) Família Inbiomyiidae Buck, 2006 (1 gènere, 11 espècies) Família Milichiidae Schiner, 1862 (20 gèneres, 288 espècies) Família Nannodastiidae Papp, 1980 (2 gèneres, 5 espècies) Superfamília Ephydroidea Zetterstedt, 1837 Família Ephydridae Zetterstedt, 1837 (128 gèneres, 1,994 espècies) Família Drosophilidae Róndani, 1856 (76 gèneres, 4,017 espècies) Família Braulidae Egger, 1853 (2 gèneres, 7 espècies) Família Cryptochetidae Brues & Melander, 1932 (3 gèneres, 34 espècies) Família Camillidae Frey, 1921 (5 gèneres, 42 espècies) Família Curtonotidae Enderlein, 1914 (3 gèneres, 65 espècies) Família Diastatidae Hendel, 1917 (4 gèneres, 50 espècies) Superfamília Lauxanioidea Macquart, 1835 Família Celyphidae Bigot, 1852 (8 gèneres, 115 espècies) Família Chamaemyiidae Hendel, 1910 (24 gèneres, 351 espècies) Família Lauxaniidae Macquart, 1835 (168 gèneres, 1,900 espècies) Superfamília Nerioidea Westwood, 1840 Família Cypselosomatidae Hendel, 1931 (13 gèneres, 35 espècies) Família Micropezidae Blanchard, 1840 (52 gèneres, 583 espècies) Família Neriidae Westwood, 1840 (19 gèneres, 112 espècies) Superfamília Opomyzoidea Fallén, 1820 (pot ser parafilètic) Família Acartophthalmidae Czerny, 1928 (2 gèneres, 6 espècies) Família Agromyzidae Fallén, 1823 (41 gèneres, 3,017 espècies) Família Anthomyzidae Czerny, 1903 (22 gèneres, 95 espècies) Família Asteiidae Róndani, 1856 (10 gèneres, 138 espècies)