mini
Pfam je baza podataka porodica proteina koja uključuje njihove napomene i višestruka poravnanja sekvenci generirana korištenjem skrivenih Markovljevih modela. Najnovija verzija, Pfam 34.0, objavljena je u martu 2021. i sadrži 19.179 porodica.
Opća svrha Pfam baze podataka je da pruži potpunu i tačnu klasifikaciju porodica i domena proteina. Prvobitno, razlog za kreiranje baze podataka bio je da postoji poluautomatska metoda prikupljanja informacija o poznatim porodicama proteina kako bi se poboljšala efikasnost označavanja genoma. Pfam klasifikacija porodica proteina je široko prihvaćena od strane biologa zbog široke pokrivenosti proteina i razumnih konvencija imenovanja.
Za svaku porodicu u Pfamu može se:
Pogledati opis porodice Pogledati višestruka poravnanja Pogledati arhitekture proteinskih domena Ispitati distribuciju vrsta Pratiti veze do drugih baza podataka Pogledati poznate strukture proteina
Reference
Vanjski linkovi
Pfam - Baza podataka porodice proteina na adresi EMBL-EBI, UK PDBfam - Dodjela Pfam domena sekvencama u PDB-u na Fox Chase Cancer Center, USA
Kategorija:Biološke baze podataka