Domen ugljikohidratne kinaze koji sadrži protein (skraćeno CARKD), kodiran genom CARKD, je ljudski protein nepoznate funkcije. Gen CARKD kodira proteine s predviđenim mitohondrijskim propeptidom (mCARKD), signalnim peptidom (spCARKD) ili niti jednim od njih (cCARKD). Analiza konfokusne mikroskopije transficiranih CHO (jajnika kineskog hrčka) pokazala je da cCARKD ostaje u citosolu, dok su mCARKD i spCARKD usmjereni na mitohondrije i endoplazmatski retikulum. Protein je konzerviran u mnogim vrstama, sa predvđenim ortolozima do eukariota, bakterija i arheja. __TOC__
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 347 aminokiselina, a molekulska težina 36.576 Da..
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
1020304050 MVTRAGAGTAVAGAVVVALLSAALALYGPPLDAVLERAFSLRKAHSIKDM ENTLQLVRNIIPPLSSTKHKGQDGRIGVVGGCQEYTGAPYFAAISALKVG ADLSHVFCASAAAPVIKAYSPELIVHPVLDSPNAVHEVEKWLPRLHALVV GPGLGRDDALLRNVQGILEVSKARDIPVVIDADGLWLVAQQPALIHGYRK AVLTPNHVEFSRLYDAVLRGPMDSDDSHGSVLRLSQALGNVTVVQKGERD ILSNGQQVLVCSQEGSSRRCGGQGDLLSGSLGVLVHWALLAGPQKTNGSS PLLVAAFGACSLTRQCNHQAFQKHGRSTTTSDMIAEVGAAFSKLFET Simboli
Struktura
Gen
Ljudski gen CARKD ima 10 egzona i nalazi se na poziciji q34 hromosoma 13. Sljedeći geni su blizu CARKD -a na hromosomu: COL4A2: za A2 podjedinicu kolagena tipa IV RAB20: Potencijalni regulator prometa koneksina 43. CARS2: za mitohondrijsku cistienil-tRNK sintetazu 2 ING1: za protein koji potiskuje tumore
Protein Ovaj protein je dio natporodice fosfometilpirimidin-kinaza: ribokinaza / pfkB. Ovu porodicu karakterizira prisutnost domena koju dijeli porodica. CARKD sadrži domen karbohidratne kinaze porodice PF01256. Ova porodica je u srodstvu sa porodicama PF02210 i PF00294, što implicira da je to također ugljikohidrat-kinaza.
Predviđena svojstva
Pomoću bioinformatičkih analiza, predviđena su sljedeća svojstva CARKD-a: Molekulska težina: 41,4 KDal Izoelektrična tačka: 9,377 Ortolozi CARKD-a imaju visoko varijabilnu izoelektrične tačke. Posttranslacijske modifikacije: Predviđene su tri posttranslacijske modifikacije: Modificirani fosfotirozinski ostatak Dva mjesta N-vezane glikozilacije Signalni peptid i mjesto cijepanja signalnog peptida.
Funkcija
Tkivna distribucija
Čini se da je CARKD sveprisutno eksprimiran na visokim nivoima. Podaci o ekspresiji u ljudskom proteinu i mišjeg ortologa ukazuju na njegovu ekspresiju u gotovo svim tkivima. Jedan osebujan obrazac ekspresije CARKD -a je različito ispoljavanje tokom razvoja oligodendrocita. Njegova ekspresija je niža u matičnim ćelijama oligodendrocita nego u zrelim oligodendrocitima.
Vezujući partneri
Predviđeno je da je partner za vezivanje za CARKD, prekursor apolipoproteina A-1 ljudskih proteina (APOA1BP). Ovo predviđanje temelji se na istovremenoj pojavi u genomima i koekspresiji. Osim ovih podataka, ortolozi CARKD -a u Escherichia coli sadrže domen sličan APOA1BP-u. Ovo ukazuje na to da su dva proteina vjerojatno nastala od zajedničkog evolucijskog pretka i, prema teoriji analize kamena rozeta, mogući su partneri u interakciji čak i kod vrsta poput ljudi, gdje se dva proteina ne proizvode kao jedan polipeptid.
Klinički značaj Na osnovu alela specifične ekspresije CARKD-a, CARKD može imati ulogu u akutnoj limfoblastnoj leukemiji. Osim toga, mikročipni podaci pokazuju da je CARKD reguliran prema gore u tumorima glioblastoma multiforme.
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 13 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika