Poważne dokonania oświatowe mieli bracia polscy zwani też arianami. Wśród nich wyróżniał się Wojciech z Kalisza, rektor gimnazjum ariańskiego w Lubartowie oraz współtwórca Akademii Rakowskiej. Bracia czescy utworzyli szkołę w Lesznie, kierowaną w latach 1636–1641 przez Jana Ámosa Komenský'ego.
thumb|ks. Stanisław Konarski (1700–1773), reformator oświaty polskiej w XVIII wieku
Okres kontrreformacji Zaistnienie szkolnictwa protestanckiego spowodowało w XVI wieku rozwój katolickiego szkolnictwa parafialnego. Wiele nowych placówek oświatowych Kościoła katolickiego utworzyli sprowadzeni w 1564 r. do Polski jezuici. Stali się oni głównymi organizatorami szkół w kraju. Tworzyli kolegia jezuickie, spośród których dwa (w Wilnie i Lwowie) stały się podstawą nowych uniwersytetów: utworzonej w 1579 r. przez króla Stefana Batorego Akademii Wileńskiej i założonej w 1661 r. przez króla Jana II Kazimierza Akademia Lwowska.
Kontrreformacji przypisuje się także negatywne oddziaływanie na oświatę, w tym i panujący w XVII wieku kryzys w Akademii Krakowskiej. Wyrazem zdystansowania się od tych zjawisk było utworzenie w 1595 r.