W wyniszczonej wojną Badenii-Durlach Fryderyk podjął energiczne działania w celu usunięcia efektów edyktu restytucyjnego – katoliccy zakonnicy musieli opuścić księstwo, dobra klasztorne ponownie sekularyzowano, a do kraju powracali protestanccy duchowni. Aby przywrócić porządek w kraju, w 1654 r. opublikował zbiór prawa krajowego. Przejął, mimo kłopotów, dobra Hohen-Geroldseck, odziedziczone po swojej czwartej żonie. W swoim testamencie zakazał dzielenia kraju między spadkobierców – tylko najstarszy syn umierającego margrabiego miał sprawować władzę.
Rodzina Fryderyk był pięciokrotnie żonaty. Pierwszą żoną była Barbara (ur. w 1593 r.), córka księcia Wirtembergii Fryderyka I. Z tego związku pochodziło ośmioro dzieci: Fryderyk VI (1617–1677), następca ojca jako margrabia Badenii-Durlach, Juliana (1618–1623), Sybilla (1620–1679), Karol Magnus (1621–1658), Barbara (1622–1639), Joanna (1623–1661), żona szwedzkiego marszałka Johana Banéra, a następnie hrabiego Thurn-Valsassina Henryka Mateusza, Fryderyka (1625–1645), Krystyna (1626–1627).
Barbara zmarła w maju 1627 r. W tym samym roku, 8 grudnia, Fryderyk poślubił Eleonorę (ur. w 1605 r.), córkę hrabiego Solms-Laubach Albrechta Ottona I.