Jeszcze w tym roku Fryderyk zdołał opanować przyznane mu ziemie, ale wojna trwała nadal ze zmiennym szczęściem, a księstwo Fryderyka było pustoszone przez oddziały cesarskie. Po szwedzkiej klęsce w bitwie pod Nördlingen we wrześniu 1634 r. cała Badenia została zajęta przez Habsburgów. Fryderyk musiał uciekać do Bazylei, a cesarz dużą część jego księstwa oddał Wilhelmowi z Baden-Baden, sam zaś zajął Durlach.
Katolickie rządy w Badenii-Durlach usuwały protestanckich duchownych, a Fryderyk stojąc po stronie Szwedów i Francuzów nie ustawał w próbach odzyskania swego dziedzictwa. Podczas rozmów pokojowych żądał przywrócenia stanu z 1618 r., tj. oddania mu zarówno Badenii-Durlach, jak i Baden-Baden. W 1647 r. cesarz Fryderyk III Habsburg postanowił, że Baden-Baden pozostanie pod władzą Wilhelma, natomiast unieważnione zostaną niekorzystne dla Fryderyka układy z 1627 r. i 1629 r. dotyczące zapłaty na rzecz Wilhelma wielkiego odszkodowania oraz odstąpienia mu części księstwa. Ponadto Fryderyk zrezygnował z dóbr Habsburgów przyznanych mu przez Szwedów.