Życiorys Hideo Kojima urodził się 24 sierpnia 1963 roku w tokijskiej dzielnicy Setagaya. Kiedy był małym dzieckiem, z rodziną przeprowadził się na krótko do małego miasta Shirasaki, z którego po niedługim czasie przenieśli się do miasta Kawanishi w rejonie Kansai. Kojima twierdzi, że w dzieciństwie dużo czasu spędzał samotnie, oglądając telewizję i zajmując się sobą po powrocie ze szkoły. Pozostawanie samemu w domu i izolacja odbiły się na jego charakterze, gdyż jak twierdzi: „[kiedykolwiek] podróżuję i zostaję w hotelu, włączam telewizor zaraz jak wejdę do pokoju, by zająć się swoim uczuciem osamotnienia”„[whenever] I travel and stay at a hotel I put the TV on as soon as I enter the room, just to deal with the feeling of loneliness.”: https://web.archive.org/web/20100917122916/http://www.metalgearsolid.org/features..
Pierwotnie chciał zostać artystą lub ilustratorem, ale często zniechęcał się do tego z powodu japońskich norm społecznych, w których preferowało się szukanie bezpiecznych i dobrze płatnych prac. Zniechęcenie powodowało również u niego świadomość problemów finansowych jego wujka, który był artystą.