Pierwszy po II wojnie światowej zjazd Towarzystwa odbył się w Kórniku od 31 października do 2 listopada 1948, a następny w Tułowicach w dniach 27–29 września 1949.

W 1949 r. ministerstwo oświaty wydało decyzję zabraniającą PTD samodzielnego istnienia, zalecono połączenie PTD z Polskim Towarzystwem Botanicznym (PTB). 10 września 1950 na walnym zgromadzeniu PTD i PTB zdecydowano o fuzji towarzystw i powołano Komisję Dendrologiczną w ramach PTB. Decyzję podjął prezes PTD prof. Władysław Szafer, co w świetle formalnych założeń statutu PTD oznaczało, że Towarzystwo nie zostało rozwiązane w sposób ważny. Wśród członków PTD nie było pełnej zgody na takie działanie, prowadzono bierny opór zapisując się do Sekcji Dendrologicznej PTB, ale nie do PTB.

Cel Celem PTD było „badanie drzew, drzewostanów, krzewów i bylin pod względem naukowym, użytkowym i zdobniczym oraz ich ochrona; szerzenie zamiłowania i wiadomości o ich życiu, hodowli oraz użytkowaniu w ogrodzie i lesie”.