Jednocześnie w kraju doszło do protestów społecznych sprzeciwiających się fałszowaniu wyborów. W takiej sytuacji prezydent Martelly w grudniu 2015 powołał specjalną komisję, mającą na celu zbadanie procesu wyborczego. Na początku stycznia 2016 komisja stwierdziła nieprawidłowości w jego przebiegu i nakazała jego powtórzenie.
Nowe wybory, przekładane na kolejne miesiące, nie odbyły się przed złożeniem urzędu przez prezydenta Martelly’ego w lutym 2016. Ich data została wyznaczona na 9 października 2016, jednak z powodu przejścia nad Haiti huraganu Matthew wybory ostatecznie odbyły się 20 listopada 2016. Moïse zwyciężył w nich już pierwszej turze, zdobywając 55,7% głosów i ponownie pokonując Jude’a Célestina, który uzyskał 19,5% głosów poparcia. 7 lutego 2017 został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta.
Wczesnym rankiem 7 lipca 2021 Moïse został zamordowany przez nieznanych uzbrojonych sprawców w swojej prywatnej rezydencji w Pèlerin 5, jednym z dystryktów Pétionville. Podczas zamachu żona Moïse’a, Martine, została kilkukrotnie postrzelona i jeszcze tego samego dnia po południu przetransportowano ją do szpitala Jackson Memorial Hospital w Miami w Stanach Zjednoczonych.