31 sierpnia 1935 roku ogłoszono jego przeniesienie do Powiatowej Komendy Uzupełnień Dubno na stanowisko komendanta. 1 września 1938 roku dowodzona przez niego jednostka została przemianowana na Komendę Rejonu Uzupełnień Dubno, a zajmowane przez niego stanowisko otrzymało nazwę „komendant rejonu uzupełnień”.
W czasie kampanii wrześniowej, po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 roku, dostał się do niewoli sowieckiej. Od kwietnia 1940 roku przebywał w obozie jenieckim w Kozielsku. Między 11 a 12 kwietnia 1940 roku przekazano go do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 022/3 z 9 kwietnia 1940 roku, pozycja 57. Między 9 a 11 kwietnia 1940 roku został zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940 roku. Ofiary tej zbrodni grzebano potajemnie w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. Stanisław Godycki-Ćwirko został prawdopodobnie zidentyfikowany w 1943 roku podczas ekshumacji nadzorowanych przez Niemców, pod numerem 1485 – dosłownie określony jako „Gorycki, ?