23 czerwca przebywający w Mołodecznie przedstawiciel zarządu więziennictwa NKWD Białoruskiej SRR, naczelnik działu operacyjnego Pariemski, w rozmowie telefonicznej rozkazał naczelnikowi Prijomyszewowi rozpocząć ewakuację więźniów. Do likwidacji więzienia przystąpiono jeszcze tej samej nocy. W stosunkowo najlepszej sytuacji znaleźli się więźniowie, których NKWD zdołało wywieźć koleją na wschód. Z zachowanych sowieckich dokumentów wynika, że 20 lipca 1941 roku dotarł do Kazania transport z 261 więźniami ewakuowanymi z Berezwecza. Ostatecznie z większości więźniów sformowano jednak kolumnę marszową, którą pognano na wschód.
Część więźniów, uznanych za najbardziej niebezpiecznych, NKWD postanowiło zlikwidować na miejscu. Do masowych egzekucji doszło w nocy z 23 na 24 czerwca. Ofiary mordowano w więziennych piwnicach, a strzały i krzyki zagłuszano głośną muzyką puszczaną z megafonów. Zbrodnia wyszła na jaw po ewakuacji Sowietów z Berezwecza, kiedy to do klasztoru udały się rodziny więźniów poszukujące swoich bliskich. Odnaleziono wówczas dziesiątki trupów, które enkawudziści pogrzebali w zbiorowych grobach lub zamurowali w celach. Świadkowie wspominali, że wiele zwłok miało sznury zarzucone na szyje, skrępowane ręce oraz nosiło ślady bestialskich tortur.