Cesarz odmówił Gijorgisowi, a następnie kazał odebrać jezuitom broń i odesłać ich do miasta Fremona w prowincji Tigraj. Z Fremony misjonarze uciekli do pragnącego uniezależnić się od cesarza bahyr negasza Jana. Gdy Fasiledes rozkazał Janowi wydalenie jezuitów, ten odmówił żądaniu, ale później oddał ich Turkom. Mendes i większość jego towarzyszy ostatecznie powrócili do portugalskiej kolonii Goa w Indiach. W czasie tej podróży misjonarze byli kilkakrotnie obrabowywani oraz więzieni. W 1665 Fasiledes rozkazał spalić tak zwane „Księgi Franków”, które były pozostałością po jezuitachPoza Europą, czyli na przykład w Afryce Europejczyków często nazywano Frankami. Tradycja ta została zapoczątkowana już w średniowieczu w kręgu kultury muzułmańskiej..
Spór wewnątrz kościoła etiopskiego Za panowania Fasiledesa odbyły się także dwa inne sobory, tym razem tylko z udziałem dwóch odłamów Kościoła koptyjskiego, czyli kybat z ośrodkiem w Debre Uerk i teuahdo z ośrodkiem w szeuańskim Debre Libanos. Spór ten toczono od przełomu XVI i XVII wieku i miał on naturę teologiczną oraz polityczną. Sobór z 1654 w miejscowości Barcza w prowincji Begiemdyr zakończył się zwycięstwem zakonu kybat. Z kolei w 1666 sobór w Aringo przyniósł tryumf odłamowi teuahdo.