Trwałość Wirus ten ulega zniszczeniu po 15 min w temperaturze 60 °C lub po 2 h w 0,5% roztworze nadmanganianu potasu, natomiast zachowuje aktywność po 24 h w 10% etanolu lub 0,5% fenolu. Jest odporny na kilkugodzinne przebywanie w nasyconym (tj. ok. 6–7%) roztworze eteru, natomiast ginie po 24 h w takim środowisku.
Systematyka Wirus Zika zaliczany jest do rodziny flawiwirusów, a w jej obrębie do rodzaju Flavivirus. Wśród wirusów tego rodzaju wirus Zika należy do serokompleksu Spondweni.
Lanciotti i współpracownicy w 2008 przedstawili następujący kladogram obrazujący pokrewieństwa w obrębie rodzaju Flavivirus na podstawie sekwencji kodującej niestrukturalne białko 5. Widać na nim odrębny klad tworzony przez ZIKV, którego grupę siostrzaną stanowi SPOV. W obrębie tego kladu wyróżniono podklady związane z zasięgiem geograficznym. Wirus z Senegalu reprezentuje linię zachodnioafrykańską, a prototypowy szczep z Ugandy – linię z Afryki Wschodniej. W Azji Południowo-Wschodniej rozprzestrzenił się zaś inny szczep, wyizolowany podczas epidemii w 2007: