Materiał genetyczny koduje 3419 reszt aminoacylowych. Translacja prowadzi do powstania łańcucha poliproteinowego, z którego wycinane są następnie trzy białka strukturalne. Białko C bierze swą nazwę od kapsydu wirionu (capsid), prM jest białkiem błonowym (premembrane/membrane), E czerpie nazwę od osłonki (envelope). Liczą sobie one odpowiednio 122, 178 i 500 reszt aminoacylowych. Oprócz nich powstaje 7 białek niestrukturalnych. Oznacza się je NS1 (342 reszty aminokwasowe), NS2A (226 aa), NS2B (130 aa), NS3 (617 aa), NS4A (127 aa), 2K (23 aa), NS4B (252 aa) i NS5 (902 aa). To ostatnie posłużyło badaczom do wyróżnienia różnych linii wirusa.
W obrębie tych białek, jednak nie w domenach hydrofobowych, znajdują się miejsca ich glikozylacji. Uwagę badaczy zwrócił również konserwatywny wzór 12 reszt cysteinylu w białkach E i NS1, jak też domena pr w białku prM zawierająca 6 reszt cysteinylowych. W białku E występuje motyw RGD związany z przyleganiem do komórek gospodarza. Konserwatywne motywy znaleziono również w białkach niestrukturalnych 3 i 5.