Badania ekosystemu jelit i genitaliów w naturalnych populacjach kotawców w Afryce wykazały szereg zmian dokujących się w składzie mikrobiomu gospodarza w wyniku naturalnej infekcji SIV. Reakcja mikrobiomu gospodarza na infekcję wirusem różni się u kotawców zainfekowanych SIV i ludzi z infekcją HIV. W mikrobiomie jelitowym małp zainfekowanych wirusem SIV zaobserwowano zwiększone zróżnicowanie mikrobiologiczne, zmianę składu mikrobiomu (wzrost ilości Succinivibrio, spadek ilości Veillonella), spadek liczby genów bakteryjnych działających w szlakach komórkowych związanych z infekcją patogennymi mikrobami oraz częściową odwracalność zmian mikrobiomu zachodzących we wczesnej fazie infekcji podczas późniejszej infekcji chronicznej.
Kotawiec jest również modelem do poznawania naturalnych mechanizmów rozwojowych począwszy od okresu prenatalnego.