Czerniak żołądka Jest to bardzo rzadka lokalizacja. Nie wykazano obecności melanocytów w nabłonku żołądka i pochodzenie nowotworu jest niejasne. Podobnie jak inne nowotwory żołądka guz objawia się niespecyficznymi objawami takimi jak ból brzucha, utrata masy ciała, krwawienie z przewodu pokarmowego i niedokrwistość.
Czerniak jelita cienkiego Jest to bardzo rzadka lokalizacja czerniaka błony śluzowej, a wielokrotnie częściej obserwuje się przerzuty czerniaka skóry. Pochodzenie nowotworu jest niejasne ze względu na niewykazanie obecności melanocytów w nabłonku błony śluzowej jelita cienkiego. Podobnie jak inne nowotwory jelita cienkiego guz nie daje specyficznych objawów, stwierdza się utratę masy ciała, ból brzucha, krwawienie do przewodu pokarmowego i niedrożność jelit. Najczęściej jest zlokalizowany w obrębie jelita krętego. Zwykle w momencie rozpoznania stwierdza się przerzuty do węzłów krezkowych.
Czerniak dróg żółciowych i pęcherzyka żółciowego Czerniak dróg żółciowych i pęcherzyka żółciowego jest bardzo rzadką lokalizacją czerniaka błon śluzowych. Objawy przypominają kamicę pęcherzyka żółciowego lub kamicę przewodową i obejmują ból w prawym podżebrzu i żółtaczkę.