Z czasem partia poszerzała swoją bazę społeczną zwłaszcza o niezamożną ludność prowincji oraz o mniejszości religijne i etniczne, z entuzjazmem przyjmujące jej hasła równouprawnienia Arabów niezależnie od wyznania.
Partia Baas doprowadziła w 1958 do zawarcia przez Syrię unii z naserowskim Egiptem, jednak powstała w ten sposób Zjednoczona Republika Arabska przetrwała tylko trzy lata. Fiasko unii doprowadziło również do ogromnego spadku wpływów organizacji. Równolegle jednak tajną organizację, Komitet Wojskowy, utworzyli w 1959 sympatyzujący z baasizmem oficerowie, pragnąc przejąć władzę i przystąpić do realizacji programu partii drogą rewolucyjną. Ostatecznie stało się tak w 1963, gdy Komitet Wojskowy przeprowadził w Syrii udany zamach stanu. W ciągu kolejnych trzech lat rządząca autorytarnie partia przeprowadziła szereg reform (nacjonalizacja banków i większości przedsiębiorstw, reforma rolna). Równocześnie wewnątrz organizacji trwały spory na tle ideologicznym, ale również religijnym i etnicznym. W 1966 frakcja radykalna kierowana przez Salaha Dżadida przeprowadziła drugi zamach stanu, przejmując kontrolę nad krajem i wzmacniając socjalistyczny kierunek polityki wewnętrznej. Przegrana wojna sześciodniowa doprowadziła jednak do utraty popularności tej grupy.