Po II wojnie światowej rozpoczęto odbudowę samorządu gospodarczego na terenie całego kraju w nowej rzeczywistości gospodarczej i społecznej. Początkowo utrzymano układ przedwojenny, czyli: siedziba Izby w Gdyni, a ekspozytura w Bydgoszczy. Pierwsze zebranie plenarne gdyńskiej Izby Przemysłowo-Handlowej miało miejsce 31 maja 1946 r. w sali Bydgoskiego Towarzystwa Wioślarskiego. 21 maja 1947 r. podjęto uchwałę o utworzeniu samodzielnej Pomorskiej Izby Przemysłowo-Handlowej w Bydgoszczy. Pierwsze plenarne zebranie Izby działającej jako instytucja samodzielna odbyło się 30 grudnia 1948 r. Pierwszym prezesem został Stanisław Cylkowski. Wyodrębniono 9 komisji oraz 3 sekcje: Przemysłową, Handlową i Żeglugi Śródlądowej, a od 1949 r. także Biuro Reklamacji Kolejowych i Porad Taryfowych. Terytorialny zasięg działania Izby obejmował ówczesne województwo pomorskie z delegaturami w Grudziądzu, Toruniu i Włocławku. W 1945 r. Izba założyła w Chełmnie Gimnazjum i Liceum Handlowe oraz wspierała Liceum Drogistowskie w Bydgoszczy oraz Gimnazjum i Liceum Handlowe dla Dorosłych w Grudziądzu.