W Tajnej Armii Polskiej zajmował się ewidencją broni oraz prowadzeniem nasłuchów radiowych, których treść przekazywał do innych komórek TAPMinisterstwo Bezpieczeństwa Publicznego, Protokół Przesłuchania Podejrzanego Makarego Sieradzkiego z dn. 5.07.1947, IPB BU 259 168 t. 1. W wyniku przekształceń organizacji podziemnych został żołnierzem Armii Krajowej w stopniu podporucznika. W czasie okupacji wraz z żoną ukrywali trzy Żydówki, za co w 1991 roku otrzymali tytuł Sprawiedliwy wśród Narodów Świata (nr 4784 na liście Instytutu Jad Waszem). Gdy wybuchło powstanie warszawskie, Makary Sieradzki walczył na Powiślu w plutonie dowodzenia, batalionu „Tum”, Zgrupowania „Kryska”. 17 września 1944 w celu uniknięcia niewoli przepłynął Wisłę, dostając się na jej prawy brzeg.
W październiku 1944 podjął pracę w Inspektoracie Szkolnym Miasta Warszawy, w roku 1945 został Radcą i Zastępcą Naczelnika Wydziału Ogólnego Kuratorium Okręgu Szkolnego Warszawskiego. W 1946 skontaktował się z nim powracający z niewoli w Murnau rtm. Pilecki, proponując odnowienie współpracy konspiracyjnej. Jego zadaniem w grupie Pileckiego było m.in. zbieranie informacji na temat zmian w programie nauczania wprowadzonych przez władze komunistyczne. Ukrywający się pod nazwiskiem Roman Jezierski rtm.