W procesie politycznym wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie z dnia 21 stycznia 1950 w sprawie SR 42/50 prowadzonej przez majora Zbigniewa Furtaka został skazany na pięć lat więzienia oraz przepadek mienia na rzecz Skarbu Państwa z równoczesnym pozbawieniem publicznych i obywatelskich praw na okres lat pięciu. Rozprawa była tajna, bez dostępu i udziału obrońcy, w „procesie kiblowym”. Został oskarżony o rzekomy udział w wywiadzie gospodarczym na szkodę Polski Ludowej. Nie przyznał się do zarzucanych mu czynów. Został osadzony w Zakładzie Karnym we Wronkach w jednej celi z Wiesławem Chrzanowskim. W więzieniu przetrzymywany w tragicznych warunkach. Później został zrehabilitowany. mały|320x320px|Grób Witolda Lisa-Olszewskiego na Cmentarzu Bródnowskim. Po wyjściu z więzienia często nie dopuszczany do wykonywania zawodu. Na dłuższe okresy skreślany z listy adwokackiej, zmuszany do zawieszania działalności adwokackiej powracał do wykonywania zawodu. Podejmował się obrony osób oskarżanych w procesach politycznych, ze względu na przekonania religijne, wielokrotnie występował w obronie Świadków Jehowy oraz innych wyznań. Utworzył własny zespół adwokacki, który w okresie zakazu działalności Świadków Jehowy w Polsce bronił członków tego wyznania w około 30 procesach miesięcznie.