Organizacja Siedziba trybunału znajdowała się w konwencie S. Francesco w Udine. Inkwizytorem był zawsze zakonnik z zakonu franciszkanów konwentualnych. Pomagało mu łącznie dziesięciu wikariuszy, w tym dwóch z tytułem wikariusza generalnego (rezydowali w siedzibach diecezji, tj. Udine i Portogruaro), a pozostałych ośmiu z tytułem wikariuszy rejonowych. Ci ostatni stali na czele mniejszych okręgów. W diecezji Akwilei było siedem takich wikariatów (Palmanova, Cividale del Friuli, San Daniele del Friuli, Gemona del Friuli, Tolmezzo, Pieve di Cadore, Sacile), a w diecezji Concordii tylko jeden (Pordenone). W trybunale inkwizycyjnym podczas procesu zasiadali też przedstawiciele miejscowego biskupa (najczęściej wikariusz generalny) oraz miejscowych władz weneckich. Specjalną autonomią cieszył się okręg Cividale del Friuli – patriarchę Akwilei reprezentował tam nie wikariusz diecezjalny, lecz dziekan kapituły w Cividale.