Niektórzy inkwizytorzy Udine podejrzewali ich o satanizm i herezję, choć traktowali ich raczej łagodnie. Jednym z najsłynniejszych procesów przed inkwizycją z Udine był proces młynarza Domenico Scandelli, oskarżonego o szereg heretyckich poglądów. Jako jeden z nielicznych podsądnych inkwizycji z Udine został on skazany na śmierć i spalony w Portogruaro w sierpniu 1599. Najwięcej spraw odnotowano za urzędowania inkwizytorów Girolamo Asteo (1598–1608), Giulio Missiniego (1645–1653) i Carlippolito Barattiego (1746–1750).
W 1751 papież Benedykt XIV oficjalnie przekształcił patriarchat Akwilei w archidiecezję Udine, formalnie zatwierdzając stan faktyczny istniejący już od kilku stuleci.
Republika Wenecka przestała istnieć w wyniku inwazji rewolucyjnej Francji w 1797. Po pokoju w Campo Formio (17 października 1797) Udine znalazło się w granicach Austrii. Kilka lat później, w wyniku kolejnej wojny francusko-austriackiej, zostało włączone do utworzonego przez Napoleona Bonaparte Królestwa Włoch, którego władze nie zamierzały tolerować dłużej działalności inkwizycji. Dekretem z dnia 28 lipca 1806 konwent S. Francesco w Udine został rozwiązany, co oznaczało jednocześnie także likwidację trybunału inkwizycyjnego.