W styczniu 2011 Herrera powrócił do swojego macierzystego Universidadu de Chile, który na jego transfer wyłożył pół miliona euro. Od razu wywalczył sobie niepodważalne miejsce w wyjściowym składzie, przez kolejne lata będąc liderem i kluczową postacią drużyny prowadzonej przez argentyńskiego trenera Jorge Sampaolego i uznawanej za jedną z najlepszych w historii klubu. W sezonie Apertura 2011 zdobył ze stołeczną ekipą tytuł mistrza Chile i sukces ten powtórzył również pół roku później, podczas sezonu Clausura 2011. W tym samym roku triumfował z Universidadem w rozgrywkach Copa Sudamericana, ustanawiając historyczny rekord tego turnieju – przepuścił wówczas zaledwie dwa gole w dwunastu spotkaniach. Było to zarazem pierwsze trofeum międzynarodowe zdobyte przez zespół Universidadu. Świetna forma golkipera zaowocowała wieloma nagrodami indywidualnymi; został wybrany najlepszym bramkarzem ligi chilijskiej w 2011 roku w aż trzech plebiscytach – organizowanym przez związek piłkarzy (SIFUP), ANFP oraz magazyn El Gráfico.