Jako premier kontynuował politykę swego poprzednika.
W listopadzie 1985 był głównym negocjatorem w rozmowach z terrorystami z grupy Abu Nidala, którzy po porwaniu samolotu EgyptAir wylądowali na lotnisku w maltańskiej miejscowości Luqa.
Jako premier utrzymywał zapoczątkowane przez poprzednika dobre relację z Libią. 15 kwietnia 1986 – w czasie operacji El Dorado Canyon, będącej odwetem za sponsorowanie przez libijskie władze zamachów terrorystycznych w Europie (na lotniska w Rzymie i Wiedniu oraz dyskotekę „La Belle” w Berlinie Zachodnim) – Karmenu Mifsud Bonnici ostrzegł Mu’ammara al-Kaddafiego o niezidentyfikowanych samolotach zmierzających w stronę Libii przez przestrzeń powietrzną Malty. Dzięki temu libijski przywódca opuścił rezydencję w Bab al-Azizia na chwilę przed jej zbombardowaniem.
12 maja 1987, po przegranych przez laburzystów wyborach parlamentarnych, na stanowisku premiera został zastąpiony przez dawnego kolegę ze szkoły prawniczej, Edwarda Fenecha Adamiego z Partii Narodowej. Uzyskał wtedy mandat deputowanego, który wykonywał także w kolejnej kadencji do 1996.