Tom I w nieznanych okolicznościach został przewieziony na Węgry. Od roku 1708 Biblia znajdowała się w bibliotece kolegium kalwińskiego w Sárospatak na Węgrzech. Od nazwy tej miejscowości pochodzi druga nazwa tego zabytku literatury utworzona po roku 1822. Jednak Biblia królowej Zofii pozostawała nieznana w kręgach naukowych. W roku 1806 informację o polskim kodeksie Biblii znajdującej się w Sárospatak otrzymał Jerzy Samuel Bandtkie, lecz przekazana przez niego relacja nie wzbudziła zainteresowania środowisk naukowych. Dopiero opis rękopisu zamieszczony przez Juliana Ursyna Niemcewicza w II tomie Zbioru pamiętników historycznych o dawnej Polszcze... (1822) zapoczątkował prace badawcze.
Do II wojny światowej zachowało się 185 kart, a na nich Stary Testament do księgi Estery. Odnaleziono także fragmenty dalszych ksiąg Starego Testamentu, natomiast nie jest pewne, czy przełożono również Nowy Testament. Zabytek zaginął pod koniec II wojny światowej, prawdopodobnie uległ zniszczeniu podczas walk o Budapeszt w 1945 roku lub został wywieziony do Związku Radzieckiego. Zachowały się jedynie trzy pojedyncze karty (dwie karty w Bibliotece Uniwersyteckiej we Wrocławiu i fragment karty w Bibliotece Muzeum Narodowego w Pradze).