Dalsze losy kodeksu Losy kodeksu między rokiem 1455 a 1562 nie są znane. W połowie XVI wieku kodeks był własnością scholastyka kapituły poznańskiej Jana Krotoskiego. Rodzina Krotowskich ufundowała w roku 1562 jej oprawę o czym świadczy inicjał „I.C.” i data MDLXII. W roku 1603 lub 1604 w prywatnej bibliotece Krotowskich manuskrypt odnalazł Symeon Teofil Turowski, zwierzchnik Zboru Braci Czeskich na całą WielkopolskęRajmond Pietkiewicz, Tradycja rękopiśmienna polskich przekładów biblijnych od XIII do XVI w., Wrocławski Przegląd Teologiczny, 2013 nr 2, s. 36.. Później jeden z krewnych ofiarował go braciom czeskim z Baranowa. W Baranowie stał się częścią bogatej biblioteki wojewody bełskiego, Rafała Leszczyńskiego (zm. 1636). W roku 1656, w trakcie potopu szwedzkiego i po spaleniu protestanckiego Leszna przez wojska polskie, Biblia królowej Zofii wraz z księgozbiorem Leszczyńskiego miała zostać wywieziona przez, Szkota z pochodzenia, Jana Jonstona (1603–1675) do jego majątku w Składowicach. Jednak po drodze Jonston został napadnięty we Wschowskiem, a tomy Biblii królowej Zofii rozdzielone. Tom II trafił do introligatora Jonasa Dittmanna z Jawora, który używał kart Biblii do oprawy innych książek, przez co tom II został niemal całkowicie zniszczony.